FreeNASで使うNTFSフォーマットHDDの問題

HP MicroServerで動かしているFreeNAS 0.7.2の5インチベイに取り付けたNTFSフォーマットの2TB HDDは突然書き込みが出来なくなったりしたので、取り外してWindows PCにUSB接続して問題なく使えることを確認しつつ、さらにファイルを沢山書き込んでみたが、これをMicroServerに戻してマウントするとファイルが一切見えなくなってた。
フォーマットされた?とか思ってドライブの容量を見てみると、ちゃんと98%近く使用中になってる。シェルから確認してみるもファイルが見えず、dfコマンド等でかなり使用中なのも同じ。
こりゃ、NTFSフォーマットの読み書きで何らかFreeNAS(FreeBSD)側の実装で問題出てるパターンかな?バージョンあげたら挙動変わるかも知れないけど、UFSとかなら大丈夫だろうからNTFSで運用するのは一時的な手段はいいとして恒久的な手段としては辞めておこう。
実際、フォーマット時の最後に以下のメッセージも出てくることだしね。

警告:
UFS は FreeBSD (FreeNAS のベース OS) のネイティブなファイルフォーマットです。FAT、FAT32EXT2EXT3 又は NTFS 等、他のファイルフォーマットを使う場合、予期せぬ結果、ファイルの破損及びデータの紛失が起こる恐れがあります!